জানা গেছে, আওয়ামী আমলে দীর্ঘ সময়ে অনিয়ম, দুর্নীতিতে পর্যুদস্ত হয়ে পড়েছিল প্রায় সাড়ে ১২ হাজার শিক্ষার্থীর এ কলেজ। 

শিক্ষা মন্ত্রণালয় সূত্রে জানা গেছে, গত এক যুগের বেশি সময় ধরে মিরপুর কলেজকে অনেকটা রাজনৈতিক দলীয় কার্যালয়ের মতো ব্যবহার করা হয়েছে। ২০১২ সালে দলীয় বিবেচনায় নিয়োগ প্রতিষ্ঠান প্রধান ও বিধি বহির্ভূতভাবে শিক্ষক নিয়োগ হয়েছে এখানে। দলীয় বিভিন্ন অনুষ্ঠানের নামেও লাখ লাখ টাকা লুট করে কলেজের একাডেমিক, অর্থনৈতিক, প্রশাসনিক ক্ষেত্রে চরম নৈরাজ্য ও বিশৃঙ্খল পরিবেশ সৃষ্টি করা হয়েছে এ কলেজে। 

শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের পরিদর্শন ও নিরীক্ষা অধিদফতরের তদন্তে দুর্নীতির অভিযোগ প্রমাণিত হওয়ায় সাবেক অধ্যক্ষ গোলাম ওয়াদুদকে চাকুরিচ্যুত করা হয়েছে। এরপর উপাধ্যক্ষ এএইচএম মাহবুবুর রহমান ভারপ্রাপ্ত অধ্যক্ষ হয়েছিলেন। কিন্তু তিনিও নানা অনিয়মে জড়িয়ে পড়েন। জুলাই আন্দোলনে ছাত্র জনতার বিপক্ষে অবস্থান নেওয়ার অভিযোগ রয়েছে তার বিরুদ্ধে। তিনি আওয়ামী লীগের দলীয় নির্বাচনী প্রচারণায়ও অংশ নিয়েছিলেন। এসব নানা ঘটনায় কলেজ কর্তৃপক্ষ অভিযুক্ত মাহবুবুর রহমানকে সাময়িক বরখাস্ত করে। বর্তমানে তার অনিয়মের তদন্ত চলমান রয়েছে। এরপর সিনিয়র শিক্ষক ড. আহমদ আলীকে ভারপ্রাপ্ত অধ্যক্ষের দায়িত্ব দিলে গত ফেব্রুয়ারিতে তার চাকরির মেয়াদ শেষ হয়েছে।  

মিরপুর কলেজের নব নিযুক্ত অধ্যক্ষ অধ্যাপক আবুল উবায়েদ মুহাম্মদ বাসেত ঠাকুর বলেন, “সরকার আমাকে যোগ্য মনে করে অধ্যক্ষ হিসেবে নিয়োগ দিয়েছেন। আমি আপ্রাণ চেষ্টা করব কলেজটিকে সামনের দিকে এগিয়ে নিতে। এক্ষেত্রে কোনও অনিয়ম, দুর্নীতি আমি বরদাশত করব না।” কলেজ পরিচালনায় সবার সহযোগিতা প্রত্যাশা করেন তিনি।